Nước Đại Nam của nhà Nguyễn vào thời điểm kết thúc độc lập năm 1883-1884, lãnh thổ chính bị chia thành 3 xứ Nam Kỳ thuộc địa (Cochinchina), Trung Kỳ (Annam), Bắc Kỳ (Tonkin) thuộc Pháp. Lãnh thổ cực đại của nhà Nguyễn thời độc lập tương đương với 3 xứ này và những vùng hay vương quốc mà nhà Nguyễn từng sáp nhập ở xung quanh: Trấn Ninh, Tây Nguyên (Pays de Mois), và Trấn Tây (Cambodge 1834-1840).

Sau các Hòa ước Harmant và Patrenôtre, nhà Nguyễn chỉ còn cai quản Trung Kỳ, Bắc Kỳ với chế độ bảo hộ dưới sự giám sát của người Pháp[1]. Về hình thức, bộ máy triều đình Huế không thay đổi nhưng về bản chất họ chỉ là những viên chức hoạt động dưới sự lãnh đạo của người Pháp. Thỉnh thoảng họ được mở hội nghị Cơ mật viện hoặc Hội đồng thượng thư do Khâm sứ Trung kỳ chủ tọa làm tư vấn lấy lệ.

Tòa Khâm sứ Pháp có một hệ thống tổ chức hiện đại chỉ huy mọi ngành[2]:

• Cơ quan quốc khố (Service des Trésor) gồm các ngân hàng (banque) và kho bạc (Commis des Trésor)
• Tòa án (Palais des Jutice) gồm Tham biện, Thừa biện và Sở lục bộ
• Thuế vụ (Servive des Impôts et de Droits)
• Y tế (Service des Santé)
• Thương mại (Service du Commerce)

Những cơ quan lớn thì có các Sở phụ trách, còn cơ quan nhỏ thì nằm trong Khâm sứ bộ, coi như một phòng, có Trưởng phòng phụ trách.

Trong tòa Khâm sứ có nhiều viên Khâm sứ làm Phó (Résidence), một số người Việt được tuyển dụng vào làm Thư lại gọi là Thư ký tòa sứ (Secretaire Résidence) hoặc Chủ sự (Commis). Các Bộ của triều đình nhà Nguyễn (gọi là Nam triều) đều dưới quyền chỉ huy của các Sở hoặc phòng của Khâm sứ bộ dưới danh nghĩa "phối thuộc" hay "hội đồng"[3].

Đầu năm 1933, Pháp giao việc học sơ cấp cho nhà Nguyễn, nên lập thêm Bộ Quốc gia Giáo dục, do Phạm Quỳnh làm Thượng thư.